Il Servo di Dio nacque nel 1536 a Berbenno, in Valle Imagna (Bergamo) da Felicita Mazzoleni e da Pietro Passeri e fu battezzato col nome di Giovanni Francesco nella parrocchia di S. Antonio. In un documento del 1547 si fa menzione di lui cosí: "El primo (dei figli di Pietro) de anni diese". Trasferitosi col padre, ch'era mercante di panni, nelle Romagne, fu poi ad Ancona e a Roma per gli studi ai quali diede compimento in Padova. In seguito, anche per consiglio e istanza di s. Filippo Neri, che lo aveva diretto nella vita spirituale, fu accolto (nel 1560) tra i cappuccini nel noviziato di Tivoli, sotto la guida di p. Tolomeo da Crema. Il 17 marzo 1561 fu ammesso alla professione; poi fu ordinato sacerdote; ma i biografi notano che ciò avvenne per ordine dei superiori riluttando a ciò la sua umiltà.
Fu eletto maestro dei novizi e per lungo tempo esercitò l'ufficio di guardiano in quasi tutti i conventi della provincia romana, come Scandriglia, Palestrina, Monte S. Giovanni, Bagnaia, Orvieto, Subiaco, Rieti, Anticoli, Anagni. Ai primi dell'ott. 1601 fu inviato a Siena come confessore delle cappuccine di un monastero là sorto da poco tempo. Lungo il viaggio, nel convento di Frascati, s'incontrò con Clemente VIII, che volle conoscerlo di persona, avendo udito della sua santità.

E invero era ormai da tutti stimato santo, sia per l'umiltà, sia per le penitenze (digiuni, veglie, flagellazioni, fatiche), sia per la carità verso i poveri (specialmente negli anni di carestia, come nel 1571-72 e nel 1591-92), sia per la pazienza, sia per intensità di spirito di orazione, soprattutto verso la Passione e verso la Vergine Madre di Dio. Gran parte della notte trascorreva in colloqui con Dio: fu anche scorto, da un confratello, sollevato in estasi davanti all'altare; spesso lo vedevano eccezionalmente splendido in volto.
Ebbe poi, dal marzo 1624 fino alla morte, miracolosa familiarità con gli Angeli dei quali piú volte attestò di aver udito le musiche celestiali. Anche il potere taumaturgico lo rese venerando già in vita: apparizioni, profezie, moltiplicazioni di alimenti, guarigioni (ad es., a Subiaco "risana una putta tisica" da tre anni). Dal 28 settembre 1626 il suo stato di salute declinò fortemente; il 2 ott. dello stesso anno, disse: "Oggi si celebra la traslazione di s. Chiara nostra: io me n'andrò con s. Chiara" e, poco dopo aver pronunciato il nome di Gesú, venne a morte.

La sua salma, che prima si era ordinato fosse deposta in luogo segreto (né stupisce, se è vero che i devoti gli "tagliarono addosso ben nove abiti"), fu poi riportata alla devozione dei fedeli per piú giorni. Urbano VIII, anzi, la domenica 4 ottobre 1626, volle si prendessero, prima della sepoltura, informazioni sulle virtú e sui miracoli: ne fu incaricato p. Francesco da Genova che allora era procuratore generale dei cappuccini.
Il venerabile fu infine sepolto nella seconda cappella mortuaria dei cappuccini in Roma: nell'iscrizione apposta sulla tomba si ricorda la sua parentela col card. Cinzio Aldobrandini, figlio di Giulia Aldobrandini, sorella di Ippolito, il futuro Clemente VIII, e sposatasi in Senigallia con un Aurelio Personeni cugino del venerabile. Una scritta interessante si legge anche in un quadro a olio esistente nel convento dei Cappuccini in Bergamo. La causa di beatificazione fu introdotta il 24 sett. 1785.